Восстание, называемое иногда крестьянской войной под руководством Ивана Болотникова (1606—1607), было апогеем гражданской войны в России. «Восставшие, в состав которых входили крестьяне, рязанские и нижегородские дворяне, служилые люди, боевые холопы, одержав победы над войсками В. Шуйского под Кромами, Ельцом и с. Троицким, осенью 1606 г. начали осаду Москвы. Обе стороны были беспощадны к своим противникам, изменившим «законному» государю, и прибегали не только к жестоким, но и к изощренным способам казней. Переход на сторону правительственных войск дворянских отрядов П. Ляпунова и И.Пашкова, обеспокоенных погромами дворянских поместий, привел к поражению отрядов И. Болотникова под Москвой и его отступлению к Калуге. Помощь И. Болотникову со стороны казачьих отрядов самозванца «царевича Петра» (Илейки из Мурома) позволила восставшим отразить натиск царских войск и отступить в Тулу. Летом 1607 г. город был осажден правительственными войсками, и через четыре месяца восставшие сдались». Расправившись с предводителями восставших, В. Шуйский отказался от крупномасштабных репрессий и пытался в своих указах призвать все сословия к восстановлению законности. Но страна находилась в состоянии хаоса, массового террора, голода и эпидемий.
С поражением Болотникова завершился второй этап гражданской войны.